En Alfajayucan se encuentran ubicadas tres presas de las cuales solo dos son funcionales, toda vez que el agua que almacena El Yathe, aún no se puede utilizar por la falta de un canal de interconexión.
De las siete presas que existen en Hidalgo, las ubicadas en el municipio de Alfajayucan son las que presentan los niveles más bajos al día de hoy.
De acuerdo con información emitida por la Comisión Nacional del Agua (Conagua), la presa Rojo Gómez tiene un 8.8% de su capacidad total de almacenamiento, mientras que la Vicente Aguirre, un 4.7%, ambas localizadas en Alfajayucan.
Mientras que el embalse Taxhimay tiene el 35.2% de su capacidad total de almacenamiento, Requena 20.0%, Endhó 47.0%, La Esperanza 90.3% y Zimapán 72.4%.