El 8 de octubre de 1926, después de dos meses de no tocarse las campanas de las iglesias de Pachuca, se da permiso para que se toquen con motivo de las fiestas de San Francisco. Lo que formó parte de los anexos del convento que había sido ocupada por las caballerizas de la Jefatura de Operaciones Militares, el 23 de mayo de 1929 se hizo entrega formal del predio. El 18 de septiembre de 1929, por decreto presidencial, pasó a la Secretaría de Guerra, y el día 17 de octubre del mismo año fue entregado al Jefe de las Operaciones Militares por la Oficina Federal de Hacienda. Se le conoció como el Cuartel “Gabriel Hernández”.
Para los años 1930 lo que fue el convento y sus terrenos, se encontraban completamente fraccionados casi al grado de ser irreconocibles. Los años 1940 se publicó el libro Catálogo de construcciones religiosas del estado de Hidalgo. Volúmenes I y II, donde se menciona que los terrenos del convento se encuentran ocupados por un rastro municipal, la cárcel municipal, la cárcel general, el cuartel y el hospital civil. Se sabe que durante este periodo el Ayuntamiento de Pachuca se traslada a la calle Guerrero, en el Centro de Pachuca; y en su parte posterior se ubicaba la cárcel municipal, dejando el espacio que ocupaba en el convento. El 1° de marzo de 1940, el hospital se traslada a su nueva sede en la en Av. Ramírez Ulloa, lo que actualmente es la Dirección de Servicios Médicos de la UAEH y el Antiguo Hospital Civil de Pachuca.
En los años 1950, se remodelaron las instalaciones del antiguo hospital, que alojarían actividades de enseñanza artística; los trabajos fueron encargados por el gobernador de Hidalgo, Quintín Rueda Villagrán. En 1951 se acondiciona un espacio para dar cabida a la Biblioteca Central de Hidalgo. Entre 1956 y 1957 en este espacio, se realiza la pintura mural de Roberto Cueva del Río; el título de este mural es: "Fundación de Tula, la Colonia, la Independencia, la Revolución y la transformación del Valle del Mezquital". En 1957 se construye la Plaza Bartolomé de Medina, enfrente de lo que fue el Hospital Civil, entre 1974 y 1975 la Cárcel General del Estado se traslada a nuevas instalaciones junto al Cementerio de San Bartolo, en la carretera rumbo a Actopan; constituyendo el Centro de Readaptación Social de Pachuca.
Ante notas de la prensa nacional de una posible venta a un consorcio extranjero, un grupo de activistas culturales pachuqueños coordinados por el Lic. Arturo Herrera Cabañas pidió la intervención estatal para su rescate, y el Gobierno de México entregó en resguardo al Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), y se instaló en el Convento de San Francisco, el 20 de noviembre de 1976. En 1977 se empezó a rehabilitar el área que ocupaba la Cárcel General, para establecer un centro cultural que proyecta y dirige el propio Lic. Herrera Cabañas y en ese mismo año se crea una sede regional del INAH y la Biblioteca "Antonio Peñafiel"; ocupando el claustro que fuera destinado para la Cárcel General. A las imágenes del Archivo Casasola se suman otras colecciones provenientes de algunas dependencias del INAH, motivo por el cual en 1978 se crea la Fototeca Nacional; y el 1 de noviembre de 1984 se funda el Museo Nacional de la Fotografía.
Fuente: Instituto Nacional de Antropología e Historia. (Mención aparte del último párrafo).